1. 育人理念创新
在“过程-贯通”型培养机制改革原则下提出并实践特色化、个性化和全面育人理念。首先，在前期调查研究和实践探索的基础上，提出了以博士生招生选拔机制改革为切入口进而带动博士生培养机制改革的总体思路，并对分段式、贯通式及不同贯通程度的改革效果及其适用条件进行了细致研究。其次，在调查研究的基础上提出了以贯通式培养模式为关键切入点来构建博士生教育的分流与淘汰机制的新思路，并构造出了新的博士生教育的分流与淘汰机制。“贯通培养、过程分流”的改革原则下进行的制度设计构想和实践充分体现了研究生培养的特色化、个性化和全面育人理念，更有利于推进学校“三全育人”“五育并举”综合改革，培养德才兼备的高层次人才。
2. 改革举措创新
在“过程-贯通”型培养机制改革框架下提出并实践博士生招生选拔、导师-学生选择、经费资助、学位论文评价与质量保障等多层面的具体改革举措。首先，从入口方面的博士生招生选拔方面来看，提出了实施大口径和灵活多样的招生录取及名额配置办法的改革举措，并指出实施过程中应考虑根据实际情况建立灵活的博士生分流（或淘汰）名额补偿机制，对学科点和导师的“隐性损失”进行补偿的具体操作性办法。其次，从博士生培养过程方面来看，提出了实施博士生与导师“双向选择小组指导”新模式、建立灵活、高效、多样化的经费资助模式和多部门协同联动、动态管理以实现就业派遣顺畅化等具体改革原则和相关举措。最后，从以学位论文为主要表征的博士生培养结果方面来看，构造出了新的博士学位论文创新性的测度和评价方法和博士学位论文“内部-外部”双重质量保障模型，并据此提出了博士学位论文质量保障的相关改革举措。
3. 育人机制创新
在“过程-贯通”型改革理念和改革框架下构造了博士生教育质量保障的长效机制。首先，从招生选拔机制改革方面来看，提出了“大口径、多方法”并重的灵活多样的招生选拔机制改革设计。其次，从分流淘汰机制改革方面来看，提出了“贯通培养，过程分流；弹性设计，双向选择；节点把控，重在落实”的机制创新设计。最后，从学位论文质量保障机制改革方面来看，提出了“内部-外部”双重质量保障的机制创新模型，并在实践中取得了良好的效果。